ضد عفونی کننده کانال ریشه به مواد یا محلول‌هایی اطلاق می‌شود که در درمان‌های اندودانتیک (درمان ریشه دندان) برای حذف باکتری‌ها، مواد آلی و آلوده‌کننده‌های موجود در کانال ریشه استفاده می‌شوند. هدف اصلی این مواد، از بین بردن عفونت‌ها و ممانعت از گسترش آن‌ها به سایر قسمت‌های دندان یا بافت‌های اطراف است.

رایج‌ترین ضد عفونی کننده‌ها برای کانال ریشه شامل سودیم هیپوکلریت (NaOCl)، کلرهگزیدین، پراکسید هیدروژن و یُدوفورها هستند. سودیم هیپوکلریت یک ضد عفونی‌کننده قدرتمند است که به‌طور گسترده برای از بین بردن باکتری‌ها، تجزیه بافت نکروتیک، و حل کردن مواد آلی در کانال ریشه استفاده می‌شود. کلرهگزیدین به دلیل خواص ضد میکروبی قوی و اثر ضدعفونی‌کننده طولانی‌مدت خود، در کنار سودیم هیپوکلریت برای شستشو و ضد عفونی کردن کانال‌ها به‌کار می‌رود. این مواد همچنین به‌عنوان حلال برای مواد پرکننده قدیمی یا باقیمانده‌های آلی در داخل کانال ریشه استفاده می‌شوند تا به آماده‌سازی کانال برای پر کردن کمک کنند.