ابزارهای اندودنتیکس (درمان ریشه) نقش اساسی در پاک‌سازی، شکل‌دهی و پر کردن کانال‌های ریشه دارند و دقت در انتخاب و استفاده از آن‌ها، تأثیر مستقیمی بر موفقیت درمان دارد. از جمله این ابزارها می‌توان به فایل‌های دستی و فایل‌های روتاری اشاره کرد که برای برداشت پالپ و شکل‌دهی به کانال استفاده می‌شوند؛ فایل‌های دستی بیشتر در موارد کنترلی و دقیق کاربرد دارند، در حالی که فایل‌های روتاری با سرعت بالا و در دستگاه‌های موتوری، فرآیند آماده‌سازی کانال را سریع‌تر و یکنواخت‌تر انجام می‌دهند. ابزارهایی مانند پیزو و پیزو ریمر و گیتس نیز برای باز کردن مدخل کانال و شکل‌دهی ابتدایی به بخش کرونال کانال کاربرد دارند. همچنین، اندومتر با تشخیص دقیق موقعیت اپکس، به تعیین طول کاری کانال کمک می‌کند و از ورود ابزار یا مواد به خارج از ریشه جلوگیری می‌نماید.

در مرحله پر کردن کانال، ابزارهایی نظیر کن کاغذی برای خشک‌کردن کانال‌ها پس از شست‌وشو استفاده می‌شوند، و ابزارهایی مانند پلاگر و اسپریدر برای فشرده‌سازی و توزیع یکنواخت مواد پرکننده به کار می‌روند. پلاگر برای فشردن عمقی گوتاپرکا در کانال‌ها و اسپریدر برای ایجاد فضا جهت درج گوتاپرکاهای جانبی طراحی شده‌اند. در مواردی که بخش بزرگی از تاج دندان از دست رفته باشد، استفاده از پست و کور برای بازسازی ساختار دندان الزامی است؛ پست در کانال قرار می‌گیرد و کور بخش فوقانی را تشکیل می‌دهد تا آماده نصب ترمیم نهایی یا روکش شود. تمامی این ابزارها با عملکرد مکمل، امکان درمان مؤثر، دقیق و طولانی‌مدت ریشه دندان را برای دندانپزشک فراهم می‌سازند.